Usó esteroides con permiso de la MLB.

El libro titulado "Blood Sport: Alex Rodriguez, Biogenesis and the Quest to End Baseball's Steroid Era" (Deporte de Sangre: Alex Rodríguez, Biogenesis y la pelea para terminar la Era de Esteroides en el Béisbol), escrito por Tim Elfrink y Gus Garcia-Roberts, y cuyo extracto obtuvo Sports Illustrated, señala que Rodríguez recibió un permiso de exención de uso terapéutico (TUE por sus siglas en inglés) para poder tratar una condición de hipogonadism (deficiencia de testosterona), una rareza en el deporte.  "En 2007, de los 1,354 jugadores que están sujetos a ser sometidos a pruebas de dopaje, 111 recibieron una TUE", de acuerdo con el libro. "Solo dos, incluyendo aparentemente a Rodríguez, recibieron una exención por 'medicamentos para combatir la deficiencia de andrógenos', la categoría que podría incluir testosterona".  Rodríguez tuvo una temporada en la que consiguió su tercer premio de JMV en 2007 tras batear 48 jonrones, líder en la liga, y remolcar 130 carreras con promedio de .321. En esa temporada baja, Rodríguez firmó un nuevo acuerdo de 10 temporadas con los Yankees que le pagaría $275 millones garantizados.  El libro prosigue para decir que en el 2008 Rodríguez pidió otras dos TUE, una para un tratamiento diferente de deficiencia de testosterona (la que le fue concedida) y una para una droga que se pensaba que podía ayudarle a perder peso (la que no le fue concedida). "En 2008, tres jugadores de Grandes Ligas recibieron exenciones para tomar drogas contra el hipongonadismo", dice el libro. "De hecho, desde la temporada 2006 al 2013, solo 15 jugadores recibieron dispensas para utilizar medicamentos contra deficiencias de andrógenos e hipogonadismo, condiciones que bajo la política antidopaje de MLB podrían requerir un impulso médico de testosterona".   Rodríguez, de 38 años, está suspendido por la temporada 2014 por su involucramiento en el escándalo de Biogénesis.